Au total, l’APEL rassemble 1 000 000 d’adhérents au sein des établissements de l’Enseignement catholique. Organisée en plusieurs échelons, ceux d’établissement sont regroupées au sein des Apel départementales, elles-mêmes regroupées au sein de celles académiques, elles-mêmes étant regroupées au sein de l’association nationale. 

Les associations d’établissement ont un rôle d’accueil, d’animation, d’information et de conseil des parents d’élèves. Quant à celles départementales, elles assurent la formation des responsables d’Apel d’établissement. Les associations académiques coordonnent l’action des responsables départementaux et organisent leur formation. Et pour finir, celles de niveau national assure la formation et l’animation des différents échelons de l’association. Une autre tâche est également dans leurs fonctions, participer au débat éducatif national en restant en contact régulier avec le ministère de l’Éducation nationale.